Na badanym obszarze strop utworów mezozoicznych zalega przeciętnie na głębokości 100 - 150 m i budują go utwory kredy górnej wykształcone w postaci margli i wapieni marglistych. Utwory kredy pokrywają trzeciorzędowe osady oligocenu i miocenu o przeciętnej miąższości od 30 do 50 metrów. Miocen przykryty jest iłami plioceńskimi o miąższości od kilku do około 50 m, a te z kolei pokrywa kompleks glin zwałowych. Miąższość utworów czwartorzędowych w okolicy Wrześni waha się od 50 do 60 metrów.