Zagrożenia środowiska przyrodniczego Wrześni związane są głównie z działalnością człowieka na tym obszarze. Dynamiczny rozwój tego miasta zaczął się już w okresie międzywojennym, ale został zahamowany w latach 30 - tych przez powszechną recesję gospodarczą, a później przez II wojnę światową. Po wojnie miasto odbudowano i sukcesywnie powstawały nowe zakłady pracy. Obecnie jest to miasto typowo przemysłowe, a do największych zakładów należą :
Ponadto na terenie gminy funkcjonuje ponad trzy tysiące podmiotów gospodarczych, głównie o charakterze handlowo - usługowym. Rozwojowi miasta sprzyja dogodne położenie na skrzyżowaniu głównych szlaków komunikacyjnych ze wschodu na zachód i północy na południe. Zachęca to inwestorów do lokalizacji nowych zakładów przemysłowych w obrębie lub okolicy miasta. Września sukcesywnie się rozbudowuje, choć tempo budowy nowych osiedli mieszkaniowych nie jest już tak duże jak na przełomie lat osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych, w związku z trudnościami z jakimi boryka się spółdzielnia mieszkaniowa. Obecnie obserwuje się wzrost budowy domów jednorodzinnych na peryferiach miasta.
Bardzo ważnym problemem staje się więc wyposażenie miasta w urządzenia infrastruktury technicznej. Z sieci wodociągowej korzysta 100 % mieszkańców miasta, z sieci kanalizacyjnej około 70 % (wielu właścicieli domów jednorodzinnych nie korzysta z kanalizacji miejskiej ze względu na wysokie koszty wykonania przyłącza). Na terenie Wrześni działa Przedsiębiorstwo Energetyki Cieplnej, zaopatrujące w energię cieplną i ciepłą wodę ponad połowę mieszkańców. Z sieci gazowej korzysta obecnie około 40 % mieszkańców Wrześni, a rozbudowa tej sieci jest kontynuowana.
Podsumowując należy stwierdzić, że zagrożenia dla poszczególnych elementów środowiska przyrodniczego Wrześni, a więc powietrza, wód, gleb i roślinoci są spowodowane głównie rozwojem przemysłu i rozrastaniem się miasta. Jak podkreślają pracownicy Wydziału Ochrony Środowiska we Wrześni, duże zakłady przemysłowe miasta posiadają odpowiednie urządzenia służące do obniżenia stężenia szkodliwych substancji emitowanych do środowiska, co pozwala im zmieścić się w normach dopuszczalnych emisji, natomiast problemem są małe zakłady i warsztaty oraz domy jednorodzinne ogrzewane węglem kamiennym i nie podłączone do sieci kanalizacyjnej. Dużym zagrożeniem głównie dla powietrza atmosferycznego są spaliny samochodowe, a we Wrześni liczba samochodów przypadających na 1000 mieszkańców znacznie przewyższa średnią krajową.