W zakresie ochrony powietrza atmosferycznego we Wrześni podejmowane są następujące działania :
Przedsiębiorstwo Energetyki Cieplnej we Wrześni w kwestii emisji zanieczyszczeń do atmosfery działa na bazie decyzji Starosty Wrzesińskiego z dnia 01.04.2000 r. Decyzja ta została wydana na postawie rozporządzenia Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 08.09.1998 r. w sprawie wprowadzania do powietrza substancji zanieczyszczających z procesów technologicznych i operacji technicznych. Według tej decyzji PEC jest zobowiązany do :
przestrzegania dopuszczalnych emisji zanieczyszczeń :
| Rodzaj zanieczyszczeń | Mg/rok | kg/h |
| dwutlenek siarki SO2 | 205 | 111,8 |
| dwutlenek azotu NO2 | 55 | 30,2 |
| tlenek węgla CO | 32 | 17,2 |
| pył ogółem | 153 | 80,1 |
właściwego zagospodarowania i eksploatacji składu opału celem wyeliminowania emisji niezorganizowanej - na bieżąco,
spalania opału o parametrach nie gorszych niż :
| Parametr | Wartość graniczna |
| wartość opałowa | 22 MJ/kg |
| zawartość siarki palnej | 0,8 % |
| zawartość popiołu | 21 % |
przeprowadzania pomiarów emisji zanieczyszczeń z emitora.
Zanieczyszczenia pyłowe w 85 % wychwytywane są przez filtr umieszczony przed kominem (emitorem), tzw. multicyklon osiowy, działający na zasadzie grawitacyjnego oddzielania pyłów (powstałe pyły mieszane są z żużlem i sprzedawane jako dodatek do materiałów budowlanych), natomiast pozostałe zanieczyszczenia, przede wszystkim SO2, emitowane kominem (o wysokości 83,5 m i średnicy 1,45 m, temperatura spalania 395 ° K) nie przekraczają dopuszczalnych norm, co potwierdzają badania.
Stan taki wynika głównie z przestrzegania parametrów paliwa, które może być spalane - a więc m.in. nisko zasiarczone.Główny zakład przemysłowy Wrześni TONSIL S.A. jako pierwszy wprowadził fluidalne spalanie - czyli dokładne oczyszczanie spalin z komina w wysokiej temperaturze.
Oprócz zakładów przemysłowych, powietrze zanieczyszczają też kominy budynków indywidualnych. Mimo wprowadzonej gazyfikacji miasta (co dało zauważalne efekty przede wszystkim w zmniejszonej emisji SO2) obecnie wielu użytkowników indywidualnych przechodzi z powrotem na ogrzewanie domów węglem kamiennym ze względu na wysokie koszty opalania gazem wynikające z eksploatacji przestarzałych instalacji grzewczych.
Głównym źródłem emisji tlenku azotu są spaliny pojazdów mechanicznych. Należy zwrócić uwagę, że Września należy do miast, gdzie liczba pojazdów mechanicznych przypadająca na 1000 mieszkańców znacznie przewyższa średnią krajową (około 210 samochodów osobowych na 1000 mieszkańców) i wynosi we Wrześni w 1999 r. 13104 samochody osobowe na 29 tys. mieszkańców tj. 452 samochody osobowe na 1000 mieszkańców.
Podsumowując, w oparciu o badania zanieczyszczeń powietrza przeprowadzane corocznie na terenie Wrześni, należy stwierdzić, że stan zanieczyszczenia powietrza atmosferycznego przy badanych stężeniach średnich dobowych SO2, NO2 i pyłu zawieszonego przedstawia się dla Wrześni korzystnie. Wszystkie wartości średnie roczne emisji są poniżej dopuszczalnej normy. Jeśli chodzi o wartości średnie dobowe, stwierdza się sporadyczne przekroczenie pyłu zawieszonego w okresie sezonu grzewczego. Przedstawione poniżej wykresy prezentują średnie dobowe stężenia SO2, NO2 i pyłu zawieszonego, gdzie widać wyraźnie zależność stężeń SO2 i pyłu od sezonu grzewczego. Stężenie NO2 utrzymuje się cały rok na takim samym poziomie, co wynika głównie z w miarę równej eksploatacji samochodów osobowych, które są głównym źródłem emisji NO2 do powietrza.