Ochrona wód we Wrześni wiąże się przede wszystkim z głównym ciekiem Wrześnicą i Zalewem Wrzesińskim. Do momentu wybudowania przepompowni a następnie oczyszczalni ścieków, Wrześnica w około 80 % zanieczyszczana była ściekami komunalnymi z Wrześni.
Budowę przepompowni ścieków rozpoczęto w 1987 r. Po jej uruchomieniu ścieki oczyszczane były mechanicznie na kratach i piaskownikach. Jednak efektem takiego oczyszczania były wysokie kary jakie płaciło Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji we Wrześni za odprowadzanie do odbiornika ścieków o wysokim ładunku zanieczyszczeń, a Wrześnica - odbiornik ścieków - przestała być rzeką klasyfikowaną w jakimkolwiek stopniu czystości. Dlatego też bardzo ważną inwestycją była budowa biologicznej oczyszczalni ścieków, która wraz z istniejącą już przepompownią, kratami i piaskownikami stanowi kompleks mechaniczno - biologiczny.
Rozruch oczyszczalni ścieków nastąpił w listopadzie 1997 r. Przewidywana docelowa przepustowość oczyszczalni to 10 tys. m3 ścieków/dobę. Obecnie pracuje ona z obciążeniem około 60 - 70 %, tzn. oczyszczalnia oczyszcza w ciągu doby około 6 - 7 tys. m3 ścieków/dobę. Wynika to z pozostawionej niezbędnej rezerwy dla podłączenia nowych osiedli czy pobliskich wsi. Należy dodać, że powierzchnia jaką dysponuje oczyszczalnia pozwala w razie konieczności na zdublowanie obiektów, a co za tym idzie podwojenia jej przepustowości.