Obydwa parki znajdujące się na terenie Wrześni zostały wpisane do Rejestru Zabytków Wielkopolski, głównie ze względu na zachowany układ architektoniczny. Ponadto na terenie Wrześni znajdują się 3 pomniki przyrody. Są to :

1. Dąb szypułkowy (Quereus robur) znajdujący się przy ulicy 3 Maja. Ma wysokość około 18 m i obwód pierśnicy około 285 cm. Nadano mu imię "Stefan". Bliskość ruchliwej ulicy może mieć ujemny wpływ na jego rozwój.


2. Platan (Platanus orientalis czyli platan wschodni) rosnący w Parku im. Dzieci Wrzesińskich, uznawany za pomnik przyrody od 1965 r. Ma około 25 metrów wysokości oraz 380 cm obwodu pierśnicy mierzonego na wysokości 130 cm.


3. Głaz narzutowy (eratyk) z czerwonego porfiru, który pochodzi ze szwedzkiej prowincji Dalarna. Głaz pierwotnie spoczywał przy ulicy Kaliskiej. W 1931 r. decyzją ówczesnych władz Wrześni został przewieziony do Parku im. J. Piłsudskiego. Głaz ma 810 cm w obwodzie, długość 290 cm, szerokość 270 cm i wysokość 110 cm.

W okolicy Wrześni znajdują się jeszcze dwa pomniki przyrody - lipy drobnolistne w Kawęczynie i Stanisławowie oraz parki wpisane do Rejestru Zabytków Wielkopolski znajdujące się w Gutowie Małym, Gutowie Wielkim, Chwalibogowie, Sołecznie, Białężycach i Gulczewie. Ochrona roślinności na badanym terenie nabiera tym większego znaczenia, jeśli weźmiemy pod uwagę, że Ziemia Wrzesińska od wieków cechowała się ubóstwem lasów (lesistość wynosi około 18,5 %).

Obecnie duży nacisk kładzie się na pielęgnowanie już istniejącej zieleni i nasadzenia drzew i krzewów, prowadzone przez Zakład Zieleni "Wiosna". W mieście prowadzi się nowe nasadzenia drzew w parkach, wzdłuż ciągów komunikacyjnych, a także na osiedlach mieszkaniowych, gdzie drzewa są często niszczone (nasadzenia trzeba uzupełniać). Na uznanie zasługuje szczególna dbałość o roślinność we Wrześni pracowników zieleni polegająca m.in. na przycinaniu konarów drzew, podlewaniu roślin w czasie upałów, pielęgnacji skwerów i trawników w mieście z dużym wyczuciem estetyki. Z niezrozumieniem spotykają się natomiast nowe nasadzenia drzew i krzewów na wsiach. Ocenia się, że z nowych nasadzeń zostaje tylko około 10 %, reszta ulega zniszczeniu przez rolników. W takiej sytuacji opracowano program zakupu drzewek dla sołectw i umożliwienie rolnikom wyboru gatunku drzew i miejsc ich posadzenia.