Września i okolice leżą, według podziału geomorfologicznego B. Krygowskiego (1961), w obrębie Wysoczyzny Gnieźnieńskiej w subregionie zwanym Równiną Wrzesińską, natomiast według podziału fizyczno - geograficznego J. Kondrackiego (1988), Września leży w obrębie makroregionu Pojezierze Wielkopolskie w subregionie Równina Wrzesińska.

Jest to obszar bardzo płaski, łagodnie opadający w kierunku południowym. Deniwelacje nie przekraczają tu kilku lub kilkunastu metrów. Wyraźnie w rzeźbie zaznacza się dolina Wrześnicy, która jest dość szeroka o płaskim dnie (wypełnionym na ogół osadami organicznymi) i łagodnych zboczach. W okolicy Wrześni dolina wyraźnie ulega zwężeniu i położona jest na wysokości 104 - 107 m n.p.m., natomiast koryto Wrześnicy leży około 93 m n.p.m. Peryferie Wrześni położone są na wysokości od 100 do 105 m n.p.m.

Pod względem morfologicznym teren Wrześni i najbliższej okolicy to morena denna - płaska forma polodowcowa zbudowana z gliny zwałowej. Morena denna pokryta jest pagórkami moreny czołowej fazy poznańskiej zlodowacenia bałtyckiego, które w okolicy Wrześni osiągają od 3 do 10 m wysokości. Z północy na równinę Wrzesińską wkracza doliną Wrześnicy piaszczysty sandr o miąższoci w okolicy Wrześni od 4 do 8 m, natomiast na południu w okolicy Miłosławia i Bieganowa krajobraz równinny urozmaicają wały ozowe.