Charakterystyczną cechą badanego terenu jest płytkie zaleganie wód podziemnych pierwszego poziomu - w okolicy Wrześni 1 - 4,5 m; przy czym szczególnie wysoki jest w północnych częściach miasta, za niski w zachodnich, co związane jest z równinnym charakterem obszaru. Roczne amplitudy wahań zwierciadła wód podziemnych wynoszą od 0,7 do 1,5 m na piaskach sandrowych Wrześni.

Wody zalegające w utworach czwartorzędowych wykorzystywane są w okolicy Wrześni jedynie w studniach gospodarskich ze względu na małą wydajność i niekorzystne warunki hydrogeologiczne.

Miasto zaopatrywane jest w wodę pochodzącą z mioceńskich utworów trzeciorzędowych : żwirów i piasków gruboziarnistych. Miąższość warstwy wodonośnej w okolicy Wrześni jest dość niska bo wynosi około 20 m. Większość studni zlokalizowano w rejonie ul. Witkowskiej. Głębokość studni waha się od 115 do 135 m.

Woda pobierana ze studni głębinowych tzw. woda surowa przekazywana jest do Stacji Uzdatniania Wody zbudowanej w 1912 r. i później zmodernizowanej.

Systematyczne badania wody surowej ze studni głębinowych Wrześni wskazują, że aby nadawała się ona do celów konsumpcyjnych musi podlegać uzdatnieniu, głównie ze względu na ponadnormatywną mętność, zawartość żelaza, amoniaku i manganu. Uzdatnienie polega na napowietrzeniu zamkniętemu i wymieszaniu wody surowej, w wyniku którego następuje wytrącanie się żelaza i manganu w filtrach. Na tym etapie woda jest ponownie badana. Jako woda czysta jest chlorowana (we Wrześni minimalną dawką chloru, głównie aby zapobiec ewentualnym skażeniom wody w sieci) i kierowana do zbiorników wody czystej mieszczących się przy stacji uzdatniania. Następnie kierowana jest do sieci.